Honda es bastante rica en recursos hídricos por contar en su territorio con el paso del Río Magdalena, el más importante del país, el río Gualí, el Guarinó y varías quebradas como Quebrada Seca y Bernal entre otras.

A pesar de no tener datos concretos, la atmósfera en Honda es límpia y saludable como es normal en un pueblo que no posee grandes industrias manufactureras.

Su suelo es arenoso, por lo que representa un constante riesgo para el subsuelo y suelo urbano, ya que está expuesto a hundimientos por terremotos y/o catástrofe por inundaciones o intensas lluvias. En las afueras el suelo es fértil y como en la mayoría del territorio tolimense apto para el cultivo de Arroz, Sorgo y Algodón.