Honda goza de un clima cálido, con una temperatura promedio de 33 °C, constante todo el año.

Esta zona presenta entre 100 y 150 días con lluvia al año, aunque es posible identificar núcleos aislados en el rango de 50 a 100 días. En las estribaciones de las montañas el número de días con lluvia crece paulatinamente hasta aproximarse a 200 días; los meses con menor número de eventos lluviosos se presentan hacia mitad de año, en los meses de julio y agosto.

El segundo mínimo, menos destacado, se presenta a principios de año. Los meses de mayor frecuencia de días lluviosos, continúan siendo abril - mayo durante el primer semestre y octubre-noviembre durante el segundo.